Enstitümüz 29.05 2007 tarihli Resmi Gazete’de yayınlanan 5662 sayılı Kanunun yürürlüğe girmesi sonucu; 4 Fakülte, 3 Yüksekokul, 7 Meslek Yüksekokulu ve 2 Enstitü ile kurulan Bitlis Eren Üniversitesi bünyesinde, Rektörlüğe bağlı olarak 2008 yılında kurulmuştur.
İlk açıldıklarında Rektörlük binasında faaliyet gösteren Sosyal Bilimler Enstitüsü ile Fen Bilimleri Enstitüsü, daha sonra Yahya Eren İleri Araştırma Merkezi Laboratuvarı binasına geçmiş 2016 Ocak ayı itibariyle de Enstitüler Binasında hizmet vermeye başlamıştır.
24.12 2020 tarih ve 1911 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararının II sayılı cetveli ile Üniversitemiz Sosyal Bilimler Enstitüsü ile Fen Bilimleri Enstitüsü kapatılmış aynı kararın I sayılı cetveli ile Lisansüstü Eğitim Enstitüsü kurulmuştur.